Las Cortes de Navarra, en su sesión de 11 de julio de 1624, acordaron declarar al recién proclamado santo, Francisco de Javier, como Patrono del Reino y organizar en su honor cada año celebraciones religiosas a las que acudiría la Diputación del Reino con el acompañamiento propio de los actos solemnes (maceros, rey de armas, capilla de música de la Catedral de Pamplona,...) y a las cuales se sumarían numerosos ciudadanos.
Ya en los años precedentes, concretamente en 1620, la Diputación del Reino de Navarra había pedido al general de los jesuitas que solicitase del Papa la concesión del rezo a san Francisco Javier. Y en 1621 se expidió en Roma el breve que otorgaba la licencia apostólica correspondiente. Asimismo la Diputación del Reino decidió tomarlo como patrono antes incluso de su canonización como santo, que tuvo lugar el 12 de marzo de 1622, junto con Teresa de Jesús, Ignacio de Loyola, Isidro Labrador y Felipe Neri.
Al Ayuntamiento de Pamplona no le pareció oportuna la decisión de que Francisco de Javier sustituyera en el patronazgo del reino a San Fermín, primer obispo de la ciudad. Esto provocó tales enfrentamientos que fue necesaria la intervención del papa Alejandro VI, quien en 1657, otorgó la confirmación pontificia al copatronato, declarando a San Francisco Javier y a San Fermín copatronos “equaeprincipales” del Reino de Navarra.